宫南院博物馆建筑由三座流线型量体交织而成，在嘉南平原一片绿色的蔗田与稻田之中，显现出墨黑色行云流水般的流动造型。实量体要为典藏与展示空间；玻璃与钢柱所形塑的虚量体中，则为大厅、餐饮、图书馆、办公室等空间；另一个体量则将所有的空间联系起来。

台湾故宫南院博物馆建筑实量体外观由仿古造型铝单板作装饰。实量体建筑弧型墙面上镶嵌了36,000多片圆盘造型的造型铝单板，每块造型铝单板上都有古老铜器上的龙纹及云纹，当阳光移动时，经由圆盘的反射，“在云中移动的龙”会在此独特设计的弧形立面上呈现出来。

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